Energia potentiala

Energia potentiala

Dinamica moleculara

• In conditii fiziologice, biomoleculele sufera mai multe miscari si modificari
• Scara de timp a acestor miscari este intre femtosecunde si secunde
• Aceste miscari sunt esentiale pentru functia biomoleculelor

Dinamica moleculara se bazeaza pe legea a doua a dinamici (legea lui Newton):

Energia potentiala V(x) a unei molecule include termeni de legatura

• Deformarea legaturii
• Indoirea unghiurilor
• Rotatia de torsiune
• Diedre improprii

si termeni de nelegatura

• Interactiuni electrostatice
• Interactiuni van der Waals

Ecuatia pentru termenii de legatura din energia potentiala

Ecuatia pentru termenii de nelegatura

Fiecare dintre aceste interactiuni exercita o forta asupra unui atom dat din molecula

Forta rezultanta se calculaza din functia energiei potentiale

Daca se cunoaste forta asupra unui atom se calculeaza miscarea: